2003年8月1日起出口企業辦理出口退稅用的增值稅專用發票必須于90日內認證；2003年9月1日起出口退稅審核加審增值稅專用發票電子信息。

根據國家稅務總局最新規定：出口企業（指增值稅一般納稅人）自2003年8月1日起（以開票日期為準）取得的用于辦理出口退稅的、由增值稅防偽稅控系統開具的增值稅專用發票（抵扣聯），必須自該專用發票開具之日起90日內到主管征稅機關認證，未經過認證或認證未通過的一律不予辦理出口退稅。

自2003年9月1日起，出口企業向退稅機關申報辦理退稅時，在使用出口退稅電子申報系統采集專用稅票基礎數據過程中，必須嚴格按照國家稅務總局規定的錄入格式和錄入要求，完整錄入與專用稅票配套對應的增值稅專用發票的18位發票代碼和號碼，即：將專用稅票對應專用發票的發票代碼和號碼以逗號分隔的格式完整錄入。專用發票如有連號，不得采取連寫或簡寫的格式錄入。且一張專用稅票最多對應5張專用發票。

2003年9月1日起，退稅機關審核企業出口退稅申報，除原所需關單、核銷單、專用稅票三種電子信息與紙質單證對比外，加審增值稅專用發票電子信息，增值稅專用發票電子信息也必須與紙質單證比對無誤后方可辦理退稅。

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